Til dato er mere end 200 antimikrobielle peptider blevet isoleret fra forskellige organismer, hvoraf over 170 stammer fra insekter alene. Disse peptider klassificeres baseret på deres oprindelse og strukturelle egenskaber.
Lineære peptider med en spiralformet struktur
Cecropiner var de første antimikrobielle animalske peptider, der blev opdaget; de blev isoleret fra pupper af den amerikanske silkmoth (*Hyalophora cecropia*) af Boman et al. i 1980.
Lineære peptider rige på specifikke aminosyrer
Apidaeciner er prolin-rige peptidantibiotika isoleret fra honningbier. De består typisk af 16-18 aminosyrerester, hvor prolinindholdet når op til 33% og argininindholdet op til 17%. Apidaeciner udviser stærk aktivitet mod visse gram-negative bakterier, men er ineffektive mod gram-positive bakterier.
Peptider indeholdende en enkelt disulfidbinding
Dette er en lille klasse af antimikrobielle peptider. Det første peptid af denne type, der blev opdaget, var bactenecin, afledt af bovine neutrofiler. Den indeholder 12 aminosyrer-inklusive fire argininrester-og danner en disulfidbinding mellem den anden og ellevte rest.
Peptider indeholdende to eller flere disulfidbindinger
Defensiner er de prototypiske repræsentanter for denne klasse. De oprindeligt opdagede -defensiner, der stammer fra pattedyrsvæv, indeholder generelt 29-34 aminosyrerester; seks konserverede cysteinrester danner tre intramolekylære disulfidbindinger. Derudover er argininrester i position 6 og 15 såvel som en glycinrest i position 24 konserverede.
Lantibiotika
Lantibiotika er peptidantibiotika produceret af bakterier; de er genetisk kodet, syntetiseret på ribosomer og gennemgår post-translationel modifikation for at inkorporere specifikke organiske grupper. Nisin er den mest omfattende undersøgte blandt dem.
